Nhận thức được vai trò của CNSH và CNMT trong đời sống xã hội của nước ta và ý nghĩa của công tác đào tạo cho phát triển kinh tế đất nước trong xu thế hội nhập toàn cầu, từ năm 2000, trường Đại học Phương Đông đó có kế hoạch mở thêm 2 ngành đào tạo CNSH và CNMT. Đáp ứng nhu cầu của nhà trường, ngày 22.3.2001, Bộ GD-ĐT đã có Quyết định số 1454/QĐ-BGD-ĐT cho phép trường được đào tạo ngành công nghệ sinh học. Ngay từ năm đầu tiên, ngành CNSH đó thu hút đông đảo thí sinh đăng ký học. Gần 100 sinh viên đã được tuyển chọn học khóa đầu tiên ngành CNSH ở trường ĐHPĐ. 3 năm sau, năm 2003, Ngành CNMT cũng được Bộ GD-ĐT cho phép nhà trường tuyển sinh. Khoa CNSH-MT có nhiệm vụ tổ chức đào tạo 2 ngành này. Dưới sự lãnh đạo của nhà trường và sự hỗ trợ của các cơ sở liên kết đào tạo, nhiều thầy cô là giáo sư, phó giáo sư, tiến sĩ khoa học…của trường và các cơ sở liên kết đào tạo như: Trường ĐH Bách khoa Hà Nội, Trường ĐH Khoa học tự nhiên Hà Nội, Trường ĐH Sư phạm, Viện CNSH, Viện CNMT, Viện di truyền nông nghiệp…đã tham gia giảng dạy mang đến những kiến thức mới, cập nhật cho sinh viên. Không khí học tập nghiêm túc, sáng tạo ngay từ những ngày đầu đã được khoa CNSH&MT tổ chức, chỉ đạo. Đến nay 10 khóa sinh viên đã và đang học ở khoa. Hàng năm, thường xuyên có 200 sinh viên nhập học 2 ngành CNSH và CNMT.

- Công nghệ sinh học bao gồm nhiều chuyên ngành khoa học công nghệ như: Công nghệ vi sinh, công nghệ enzym-protein, công nghệ tế bào, kỹ thuật di truyền phân tử… và được ứng dụng ở nhiều lĩnh vực như: y - dược (sx thuốc, chuẩn đoán bệnh, sx vac-xin…), nông lâm ngư nghiệp (chọn giống, chữa bệnh, sản xuất thức ăn gia súc…), công nghệ thực phẩm ( sản xuất rượu, bia, chế biên thực phẩm…), công nghệ sau thu hoạch (sử dụng chất bảo quản sinh học, vật liệu sinh học…), kỹ thuật môi trường (xử lý phế thải rắn, lỏng…). Hiện nay nước ta có nhiều trường đào tạo CNSH với mục tiêu đào tạo có khác nhau. Có trường đi sâu nghiên cứu cơ bản, có trường đi sâu về CNSH ứng dụng trong nông nghiệp hay ngư nghiệp, có trường đi sâu về CNSH ứng dụng trong công nghiệp hay xử lý môi trường. Trên cơ sở khung đào tạo của Bộ GD-ĐT, Khoa CNSH&MT, trường ĐHPĐ cung cấp cho sinh viên những kiến thức chung về sinh học đại cương, sinh học thực nghiệm, những thành tựu mới về CNSH. Để đáp ứng yêu cầu của xó hội và nguyện vọng của sinh viờn, khoa cú nhiều chuyờn ngành đào tạo: CNSH Công nghiệp, CNSH nông nghiệp và CNSH môi trường.

- Công nghệ kỹ thuật môi trường là ngành đang được nhiều trường đại học quan tâm đào tạo vỡ kỹ sư kỹ thuật môi trường đang là nhu cầu của nhiều lĩnh vực kinh tế từ các nhà máy, xí nghiệp đến các nông lâm ngư trường, trang trại từ thành phố đến nông thôn, từ cơ quan quản lý đến các viện nghiên cứu, trường đại học. Chính vì vậy khoa đã tập trung trang bị cho sinh viên những kiến thức cơ bản, toàn diện về khoa học môi trường, chú ý đào tạo kỹ năng thực hành về các kỹ thuật, thiết bị xử lý môi trường. Sinh viên ra trường có thể tự tin đảm đương các nhiệm vụ mà xã hội yêu cầu.

- Công nghệ sinh học nông nghiệp
- Công nghệ sinh học công nghiệp
- Kinh tế công nghệ sinh học

- Công nghệ kỹ thuật môi trường
- Kinh tế kỹ thuật môi trường

1. Trường Đại học Bách Khoa Hà Nội
2. Trường Đại học Khoa học - Tự nhiên
3.Trường Đại học Nông nghiệp Hà Nội
4.Trường Đại học Sư phạm Hà Nội
5.Viện Công nghệ sinh học
6.Viện Di truyền nông nghiệp
7.Viện Công nghiệp thực phẩm
8.Viện Công nghệ môi trường
9.Viện Cơ điện Nông nghiệp và công nghệ STH
10.Viện KHKT Nông - Lâm miền núi phía Bắc
11.Viện Nông hoá thổ nhưỡng
12.Viện nghiên cứu rau quả
13.Viện Hoá công nghiệp
14. Cục Quản lý môi trường